Desde la prospección geológica realizada por Juan de Tolosa, el 8 de septiembre de 1546, la opulencia argentífera favoreció el acelerado asentamiento poblacional del Real de Minas de Zacatecas, convirtiendo a la incipiente ciudad hacia 1575, como la parte más habitada de México, de toda la América Septentrional. Durante la necesidad de expansión, se tomaron las vertientes de las cañadas para establecer haciendas de beneficio de metales, ranchos y huertas, que producirían los principales víveres y abastos de la región.

La región se convierte en la parte más habitada de México y América Septentrional.

Desde 1559 hasta 1578 se registra el mayor establecimiento de haciendas importantes. De los labriegos y trabajadores surgirían los primeros pobladores formales, de lo que actualmente es el Municipio de Guadalupe, con el establecimiento de haciendas como la del «Cristo de los Guerreros», cuyo dueño Alfonso de Villaseca, establecería su mayorazgo en 1559, que se extendería territorialmente hasta el actual poblado de Zóquite, la de Bernárdez, originada en la merced de ganado menor, expedida por la Real Audiencia de Guadalajara, a Gonzalo Cabañas el 27 de septiembre de 1575; y finalmente las huertas de Diego de Melgar, situada donde hoy se encuentra el Centro Histórico, cuya merced fue otorgada al catalán Diego Chávez de Montoro, el 16 de Julio de 1578.

El Colegio Apostólico de Propaganda Fide de Nuestra Señora de Guadalupe Con la difusión en Zacatecas de la devoción a la Virgen de Guadalupe, se busco construir un recinto religioso para la advocación en cuestión. Antiguamente en el sitio conocido como «Huertas de Abajo», hubo una ermita dedicada a la Virgen del Carmen, donde primitivamente se venero a San Antonio de Padua. Encontrándose casi en ruinas, la donó Jerónima Castilla, viuda de Diego Melgar y su hija Juana Melgar de Ruiz Oliver, el día 1 de agosto de 1676, a los devotos de la Muy Noble y Leal Ciudad de Zacatecas, para que se edificara un santuario a imitación del de México a la Virgen de Guadalupe.

El 27 de septiembre de 1702, se instala un hospicio destinado al descanso de misioneros durante sus travesías en el septentrión novohispano. En ese tiempo ya se impetraba la licencia del Rey de España, Felipe V, para erigirse como Colegio de Propaganda Fide, Fray Pedro de la Concepción Urtiaga, principal agente para esta fundación en las Reales Cortes, logro este propósito concediéndole la Cédula el 27 de enero de 1704. El Comisario General de Indias, Fray Lucas Álvarez de Toledo, nombró Presidente y fundador a Fray Antonio Margil de Jesús, quien acompañado por cinco religiosos del Colegio de la Santa Cruz de Querétaro, llegaron a este lugar el 12 de enero de 1707, fecha en que se funda el Colegio Apostólico de Propaganda Fide de Nuestra Señora de Guadalupe de Zacatecas. Se puede afirmar que el Colegio de Guadalupe, tercero de 36 de su genero, que florecieron a lo largo del continente americano, fue el más importante, ya que propicio la fundación de más de 50 misiones y 3 hospicios en una amplia zona que corre desde Zacatecas hasta las costas de California y Texas, y a mediados del siglo XVIII, hacia el Nuevo Santander.

Después de permanecer como extensión, suburbio o barrio de la Cuidad de Zacatecas, el puesto de Guadalupe se erige como Ayuntamiento el 13 de noviembre de 1821, por disposición del Excelentísimo Pedro Celestino Negrete, Capitán General de la Provincia de la Nueva Galicia. Con la creación del Estado Libre y Federado de Zacatecas en 1823 y la promulgación de la primera Constitución local en 1825, pasa Guadalupe a formar parte del Partido de Zacatecas, junto con Vetagrande, Panuco y San José de la Isla.

El 9 de septiembre de 1845, siendo Gobernador del Estado, Marcos de Esparza, la Legislatura concede el titulo a la cabecera municipal de «Villa de Guadalupe de Rodríguez». Durante la segunda mitad del siglo XIX, empieza el crecimiento de la población, se consolido como una de las principales municipalidades del Estado, así mismo habría de constituirse en un centro industrial y de comercio, que con el estallido de la Revolución Mexicana, se vino en detrimento.

Luego de la promulgación por Venustiano Carranza de la Ley del Municipio Libre en diciembre de 1914, se suprime la Jefatura Política de Zacatecas, derogándose las figuras intermedias entre Presidentes Municipales y el Ejecutivo del Estado, creándose en septiembre de 1915, en Guadalupe la Junta de Administración Civil como un paso previo a la organización del Municipio Libre. Con la puesta en vigencia del artículo 115 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos de 1917 y el artículo 72 de la particular del Estado de Zacatecas de 1918, Guadalupe se erige en Municipio Libre, categoría vigente hasta nuestros días.

Forma parte del “Camino Real de Tierra Adentro”, declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.